Pohorje se sastoji od magmatskih i metamorfnih stijena različitih starosti; metamorfne su mnogo starije, iako je njihovu starost teško utvrditi jer su prošle brojne metamorfoze. Procjenjuje se da su najstarije stijene na Pohorju (a i u Sloveniji) stare oko 500 milijuna godina. Magmatske stijene znatno su mlađe te su nastale između 18 i 16 milijuna godina. Jezgru pohorskog masiva čine magmatske stijene. Među njima je najrašireniji granodiorit koji u smjeru sjeverozapada postupno prelazi u porfiroidni granodiorit (granodiorit je u općoj javnosti poznat i kao granit ili tonalit, a porfiroidni granodiorit kao dacit). Cezlak je mjesto nastanka autohtone slovenske stijene čizlakita. Metamorfne stijene okružuju magmatske stijene te su prisutne u obliku okastoga gnajsa, mikašista, amfibolita, eklogita, mramora, kvarcita i serpentinita koji su najviše rašireni na području jugoistočnog dijela Pohorja. Sjeverozapadno Pohorje sačinjavaju filitoidni škriljevac s dodatkom dijabaza i mramoriziranog vapnenca, kvarc-sericitni filit s dodatkom mramora i kvarcita, granatov mikašist s prijelazima u gnajs te sedimentne stijene; svjetlosivi do crveni vapnenci, konglomerat, pješčenjak i lapor.
Stijena porfiroidni granodiorit (dacit) nastala je od stvrdnute magme na površini. Prilikom kontakta vruće magme s okolnim metamorfnim stijenama nastale su nove metamorfne stijene, skarni, zbog iznenadnog rasta temperature. Na mjestu kontakta dacita i skarna nastala je željezna ruda. Željezna ruda vadila se još u 18. stoljeću ispod Male Kope i Mislinjskog jarka. Najvažniji rudni mineral bio je magnetit, a u skarnima se nalaze i najveća nalazišta minerala granata u Sloveniji. U Centru Kope predstavljene su stijene i minerali Pohorja.
Metamorfne stijene Pohorja prošarane su brojnim žilama kvarca koje mogu biti široke i do jednog metra. Pohorski kvarc nekada se koristio kao sirovina za izradu stakla, a u običnim staklanama – glažutama još su prije tri stoljeća talili kvarc. Pohorski stakleni proizvodi izvozili su se diljem Europe. Granodiorit je važan prirodni kamen koji se u prošlosti koristio za popločavanje cesta i tržnica, a danas se najviše koristi za oblaganje zgrada te izradu rubnika i spomenika. U Josipdolu u Muzeju rezanja kamena, staklarstva i šumarstva Koruškog zavičajnog muzeja predstavljena je tradicija kamenarstva, šumarstva i staklarstva.